Zgodnie z wytycznymi OECD oraz polskim prawem podatkowym przewiduje się dwie główne kategorie metod szacowania cen transferowych: tradycyjne oraz zysku transakcyjnego. Wybór odpowiedniej metody powinien zawsze prowadzić do znalezienia najodpowiedniejszego sposobu dla danej transakcji z pomiotem powiązanym. Dlatego też przy jej wyborze, należy kierować się zarówno zaletami, jak i wadami dostępnych metod ustalania cen transakcyjnych.
Mimo istnienia tysięcy różnych typów indywidualnych przedsiębiorstw, system cen transferowych sprowadza się do czterech głównych metod ich szacowania, mianowicie:
- metoda rozsądnej marży (tzw. „koszt plus”),
- metoda porównywalnej ceny niekontrolowanej,
- metoda ceny odsprzedaży,
- metoda zysku transakcyjnego,
- metoda podziału zysku.
Pierwsza z wyżej wymienionych metod szacowania cen transferowych bazuje przede wszystkim na wewnętrznych kosztach przedsięwzięcia. Jest ona najczęściej ustalana na podstawie kosztów możliwych, pełnych lub marginalnych. Sposób ten jest dość dobrze znany ekonomistom, a cenę w tym przypadku kalkuluje się poprzez dodanie określonego procentowo narzutu do kosztu jednostkowego. W przypadku metody nazywanej też w skrócie „koszt plus” dokonuje się badania osiągniętej marży brutto, a nie bezpośrednio ceny danej transakcji.
Metoda porównywalnej ceny niekontrolowanej stanowi jedną z podstawowych zasad ustalania cen transakcyjnych, która używana jest do określania, czy dana transakcja miała charakter rynkowy. Ta metoda szacowania cen transferowych była obligatoryjnie stosowana przez organy podatkowe do momentu wprowadzenia rozporządzenia Ministra Finansów w 2009 roku.
Metoda ceny odsprzedaży polega na zbadaniu marży uzyskanej przez konkretną jednostkę handlową z tytułu odsprzedaży towaru nabytego od podmiotu powiązanego na rzecz podmiotu niepowiązanego. Wyliczona w ten sposób marża nie jest porównywalna z marżami osiąganymi w transakcjach zawieranych między podmiotami niepowiązanymi.
Istnieją jeszcze inne metody szacowania cen transferowych, m.in. metoda zysku transakcyjnego netto oraz podział zysku, jednak jest ona nieco mniej popularna w Polsce.Metody te wymagają stosowania danych o znacznie niższym stopniu porównywalności w stosunku do metod podstawowych. Powinny być stosowane po wykluczeniu metod podstawowych.